Sadece başarılı olan e-Arşiv faturaları iptal edilebilmektedir. HATALI e-Arşiv faturaları iptal edilememektedir. 
Hatasının düzeltilmesi ve yeniden gönderilmesi eğer iptal edilecekse başarılı olan kaydın iptal olması gerekmektedir.

Başarılı bir şekilde gönderilmiş ve imzalandı statüsündeki e-Arşiv faturalarınız iptal edilebilmektedir. 
Kullanmış olduğunuz muhasebe programı üzerinde ilgili faturanın üzerinde sağ tıklayarak iptal et dedikten sonra oluşan 
e-Arşiv iptal faturanızı conenctten hazırla-paketle-gönder diyerek göndermeniz gerekmektedir.

LogoConnect programında, e-Arşiv  sekmesi altında “e-Arşiv  Gönder” butonuna tıklayıp “Hazırlanacak ” sekmesine gelin. 
Herhangi bir alana sağ tıklayıp “Filtrele” seçeneğini seçin. Açılan pencerede, solda “Filtreler” listesinde “e-Arşiv  Durumu” filtresini açın.
Kırmızı çarpı işaretli satırları üzerlerine çift tıklayarak yeşil hale getirin ve “Tamam” deyin.
Fatura karşınıza çıkacaktır. Zarftaki faturaları ayrı ayrı seçip gönderebilirsiniz.

Bağlı bulunulan Vergi Dairesi Müdürlüğüne dilekçe ile izahatte bulunulması gerekmektedir. 
Yeni düzenlenecek faturalar aynı seri numarası kullanılarak en son kesilen fatura numarasından 
sıra atlamadan ve atlanılan sıra numaraları kullanılmadan devam edilmelidir.